Die Zeichentrickserie spielt fünf Jahre nach der Vorgänger Serie Ben 10. Sie führt die Ereignisse rund um Ben Tennyson fort. Ben ist mittlerweile 15 Jahre alt, genau wie seine Cousine Gwendolyn. Er hatte es geschafft in den letzten fünf Jahren ein normales Leben zu führen, denn er hatte es geschafft die Omnitrix abzuhängen. Doch jetzt haben die beiden es mit einer neuen Horde Aliens zu tun, den DNAliens. Um ihren Großvater zu retten müssen sie gegen die DNAliens kämpfen. Doch zum Glück konnten die beiden in den letzten Jahren Fortschritte machen und Gwen hat zum Beispiel ihre magischen Kräfte verbessert.